De kerk van Windesheim is een protestantse kerk in de Overijsselse plaats Windesheim in de gemeente Zwolle.

Oorspronkelijk maakte het gebouw deel uit van het kloostercomplex van de congregatie van Windesheim. Het klooster was in de late 14e eeuw het centrum van de Moderne Devotie onder leiding van Geert Grote. Dit gebouw fungeerde als brouwerij van het klooster. Tijdens de Tachtigjarige Oorlog werd het klooster ontmanteld.